Des pépins retrouvés dans des latrines médiévales le prouvent : le pinot noir est cloné par les vignerons depuis plus de 600 ans

En France, une étude génétique sur des pépins antiques, dont certains venus de latrines médiévales, bouleverse notre vision de l’histoire du vin.

Une équipe de chercheurs français et internationaux vient de remonter 4 000 ans d’histoire de la vigne grâce à des pépins exhumés de sites archéologiques, rapportent les médias scientifiques anglo-saxons. Parmi eux, une graine retrouvée dans des latrines médiévales de Valenciennes, dans le nord de la France, se révèle génétiquement identique au pinot noir actuel, montrant que les vignerons clonent ce cépage depuis au moins six siècles.

Des pépins archéologiques qui racontent 4 000 ans de vigne en France

L’étude, publiée dans la revue scientifique Nature Communications, a été menée par une équipe dirigée par Rémi Noraz et Ludovic Orlando. Les chercheurs ont analysé 49 pépins de raisin archéologiques couvrant environ 4 000 ans d’histoire, depuis l’âge du Bronze jusqu’au Moyen Âge.

Pour reconstituer cette longue trajectoire, ils ont utilisé le séquençage complet du génome, une méthode qui permet de comparer avec une grande précision l’ADN de ces pépins anciens à celui des cépages actuels.

En comparant le génome de pépins vieux de plusieurs siècles avec celui de vignes actuelles, les chercheurs ont retracé comment la France est devenue une grande terre de vin.

Les premiers échantillons étudiés proviennent de la région de Nîmes, dans le sud de la France, et datent d’environ 2300 à 2000 avant notre ère. Ils appartiennent à la sous-espèce sauvage de la vigne, Vitis vinifera sylvestris, qui poussait alors spontanément dans les paysages européens.

À cette période de l’âge du Bronze, tout indique que ces vignes n’étaient pas encore domestiquées ni véritablement cultivées par les populations locales. Les génomes montrent une continuité sauvage, sans trace de sélection humaine.

Grecs, Gaulois, puis Romains : la lente domestication de la vigne

La situation change à l’âge du Fer, à partir d’environ 625–500 avant notre ère. C’est là qu’apparaissent dans le sud de la France les premières vignes domestiquées. Selon les chercheurs, le scénario le plus probable est l’arrivée de ces cépages par les colons grecs installés à Massalia, l’actuelle Marseille.

Ces colons n’ont pas seulement apporté céramiques et traditions philosophiques : ils ont aussi importé des vignes déjà domestiquées et des techniques de culture plus avancées. Sur le terrain, la transition reste pourtant progressive et désordonnée.

• Certaines populations continuent de récolter des vignes sauvages locales.
• D’autres introduisent des cépages domestiques venus du Levant et du Caucase.
• Des croisements entre vignes sauvages et importées sont réalisés pour mieux s’adapter aux climats locaux.

Ce « melting-pot » viticole aboutit à un patrimoine génétique très varié dans la Gaule antique, avant l’arrivée des Romains. L’empire romain va ensuite amplifier ce mouvement.

Le clonage de la vigne, une pratique antique largement diffusée par les Romains

L’étude rappelle que les Romains ont joué un rôle clé dans la diffusion des cépages à travers l’Europe. Dès qu’un vin plaisait, l’empire déployait ses réseaux pour transporter des plants de vignes d’une région à l’autre, de la péninsule Ibérique jusqu’aux Balkans.

Cette dynamique ne repose pas seulement sur l’échange de graines. Elle implique surtout une technique encore centrale aujourd’hui en viticulture : le clonage par bouturage, ou propagation végétative.

Pour conserver le goût exact d’un vin, il ne faut pas replanter un pépin, mais un morceau de la vigne d’origine : c’est le clonage.

Si l’on sème un pépin issu d’un raisin jugé excellent, le résultat est aléatoire : la reproduction sexuée mélange les gènes et donne souvent un plant aux caractéristiques différentes, parfois acides ou peu intéressantes. Pour dupliquer une variété à l’identique, les viticulteurs prennent au contraire des boutures d’un pied jugé performant et les font raciner.

Les chercheurs ont ainsi montré qu’un pépin retrouvé dans une zone de la France romaine avait un profil génétique parfaitement identique à deux autres trouvés plus de 600 kilomètres plus au sud. Cela signifie que, déjà il y a près de 2 000 ans, des boutures identiques circulaient sur de longues distances à travers la Gaule.

À cette époque, certains de ces cépages présentaient déjà de fortes ressemblances génétiques avec le pinot noir moderne, sans être encore exactement le même cépage.

Un pépin de latrines médiévales identique au pinot noir d’aujourd’hui

Le cœur spectaculaire de l’étude se situe à la fin du Moyen Âge, entre 1400 et 1500 de notre ère. Un pépin retrouvé à Valenciennes, dans le nord de la France, a été extrait d’un contexte humide, ce que les archéologues décrivent comme un milieu « gorgé d’eau ».

En milieu urbain, ce type de contexte correspond très souvent à des latrines ou des fosses d’aisance, qui conservent remarquablement bien les matières organiques en les privant d’oxygène.

Le pépin de Valenciennes, issu très probablement de latrines médiévales, présente un génome identique à celui du pinot noir cultivé aujourd’hui.

Autrement dit, la variété de raisin dont il provient est un clone direct de nos pinots noirs contemporains. Ce résultat montre que ce cépage est cultivé à l’identique, par clonage, depuis plus de 600 ans.

Les chercheurs ne peuvent pas dire avec certitude si le grain à l’origine de ce pépin a été consommé en raisin de table ou sous forme de vin. Mais ce simple noyau suffit à établir une continuité génétique frappante entre la fin du Moyen Âge et nos bouteilles actuelles.

Le co-auteur Ludovic Orlando, paléogénéticien à l’université de Toulouse, a fait le lien avec une figure historique familière. Il rappelle que la guerre de Cent Ans entre la France et l’Angleterre s’achève au milieu du XVe siècle, période où a vécu Jeanne d’Arc.

Il souligne, cité par l’Agence France-Presse, que Jeanne d’Arc « aurait pu manger les mêmes raisins que nous », tant la correspondance génétique est étroite.

L’étude mentionne aussi un échantillon médiéval provenant d’Ibiza, identique à un cépage blanc encore cultivé au Portugal aujourd’hui, ‘Folha de Figueira’. Des travaux antérieurs avaient déjà relié une graine du XIe siècle à la ‘Savagnin blanc’, un cépage apparenté au pinot noir.

Un cépage star… mais fragile : les risques du clonage massif

Le pinot noir est aujourd’hui le quatrième cépage le plus planté au monde. Il est à l’origine de vins rouges parmi les plus réputés et les plus coûteux de la planète, notamment en Bourgogne et en Champagne pour une partie des vins effervescents.

Le fait que son profil génétique soit resté stable depuis au moins six siècles traduit un engouement durable pour ses caractéristiques aromatiques et œnologiques. Mais cette fidélité a un coût.

En conservant les mêmes clones sur des siècles, la vigne perd une partie de sa marge d’adaptation face aux nouvelles menaces, climatiques ou sanitaires.

Une population clonale présente une diversité génétique très réduite. Si une maladie, un champignon ou un insecte ravageur s’y adapte, l’ensemble du vignoble peut être menacé. Les chercheurs rappellent le précédent du bananier ‘Gros Michel’, quasiment éradiqué par une maladie au XXe siècle en raison de sa culture clonale massive.

Dans un contexte de réchauffement climatique, ces cépages historiques sont soumis à des stress inédits : vagues de chaleur plus fréquentes, sécheresses, pression accrue de certaines maladies. L’étude évoque la notion « d’introgression adaptative », pratiquée par les populations anciennes.

Cette pratique consiste à croiser volontairement des vignes domestiques avec des vignes sauvages pour intégrer des gènes améliorant la résistance locale, à la sécheresse, au froid ou à des pathogènes. Les chercheurs suggèrent que ces stratégies anciennes pourraient inspirer les adaptations futures pour protéger des cépages très prisés comme le pinot noir.

Ce que cela signifie pour la vigne et le vin en France aujourd’hui

En France, la filière viticole repose encore largement sur la reproduction végétative : les pépiniéristes multiplient les ceps par bouturage pour fournir aux vignerons des plants certifiés, identiques aux cépages attendus dans les cahiers des charges des appellations d’origine protégée.

Cette continuité avec les pratiques romaines et médiévales, mise en lumière par l’étude, explique la remarquable stabilité du goût de certains vins, mais éclaire aussi leur vulnérabilité. Les organismes de recherche agronomique, comme l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (équivalent pour la vigne des instituts techniques agricoles), travaillent déjà sur des voies complémentaires :

• sélection de clones plus résistants à certaines maladies ;
• développement de cépages plus tolérants à la chaleur ou à la sécheresse ;
• croisements entre variétés existantes pour élargir la base génétique.

Les règles encadrant les appellations françaises peuvent limiter la diversification des cépages autorisés, mais des réflexions sont en cours dans certaines régions pour intégrer des variétés plus adaptées au climat futur, tout en préservant l’identité des vins.

Quelques notions pour mieux comprendre : pépins, clones et cépages

Pour un lecteur français amateur de vin, l’étude apporte plusieurs clés concrètes.

Concrètement, lorsqu’un vigneron plante du pinot noir aujourd’hui, il ne sème pas des pépins. Il achète des plants issus de boutures prélevées sur des ceps de référence. Ces ceps sont eux-mêmes, d’après l’étude, les descendants strictement clonés de vignes cultivées à la fin du Moyen Âge, au temps des chevaliers et des grandes cathédrales gothiques.

La recherche publiée dans Nature Communications montre enfin que chaque verre de pinot noir français porte une part de cette histoire longue. Elle souligne aussi que le maintien d’une diversité génétique suffisante, soit en préservant des vignes sauvages, soit en diversifiant les cépages cultivés, devient un enjeu stratégique pour que les vins français traversent les prochains siècles aussi bien qu’ils ont traversé les précédents.

Hélène Vasseur

Lecture rapide : rédactrice en chef d’Eurotel, ancienne de l’hôtellerie, spécialiste des hôtels de caractère et des city-trips.

Hélène Vasseur a passé près de quinze ans dans l’hôtellerie avant de se consacrer à l’écriture. De la réception d’un palace lyonnais à la direction d’une maison d’hôtes, elle a appris à lire un hôtel de l’intérieur : ce qui fait une vraie adresse, et ce qui relève du décor.

Rédactrice en chef d’Eurotel, elle coordonne la ligne éditoriale et arpente l’Europe à la recherche d’hôtels de caractère et de destinations à raconter autrement. Sa conviction : on voyage mieux quand on comprend les lieux, pas seulement quand on les coche. Elle garde un faible pour les vieilles villes d’Europe centrale et les petits-déjeuners qui s’éternisent.